La découverte d’un nouveau type de champignon tueur inquiète les chercheurs

Une nouvelle découverte en microbiologie pourrait bouleverser la lutte contre les infections fongiques : un groupe de chercheurs à Singapour a identifié un sixième clade du champignon pathogène Candida auris. Ce pathogène, déjà reconnu pour sa résistance exceptionnelle aux traitements et sa capacité à causer des infections graves dans les établissements de santé, pourrait représenter une menace encore plus grande avec cette nouvelle diversification.

Découverte du sixième clade

Depuis sa première identification en 2009, Candida auris s’est imposé comme un problème de santé mondiale. Ce champignon est particulièrement redouté en milieu hospitalier en raison de sa résistance aux antifongiques, sa persistance sur les surfaces, et sa capacité à se propager rapidement parmi les patients vulnérables. Cette menace est si grave que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis ont tous deux classé C. auris comme un pathogène à haut risque.

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Des chercheurs du Genome Institute of Singapore, en collaboration avec plusieurs hôpitaux singapouriens, ont récemment identifié un nouveau clade de C. auris. Cette découverte a été faite grâce à l’analyse génétique approfondie de trois échantillons provenant de patients non liés hospitalisés dans un grand établissement de Singapour. Les résultats, publiés dans Lancet Microbe, montrent que ces échantillons sont génétiquement distincts des cinq clades précédemment connus, suggérant ainsi l’existence d’un sixième clade.

Un clade est une branche de l’arbre de la vie qui regroupe des organismes partageant un ancêtre commun. Cette nouvelle branche génétique pourrait indiquer une plus grande diversité du pathogène que ce que l’on croyait auparavant, augmentant potentiellement sa dangerosité.

Implications pour la santé publique

La découverte d’un sixième clade de C. auris pose de nouveaux défis aux autorités de santé publique. Selon le Dr Karrie Ko, coauteure de l’étude et consultante au département de microbiologie de l’hôpital général de Singapour, cette découverte souligne l’urgence de renforcer les capacités de surveillance des agents pathogènes à l’échelle mondiale. La mise en place de nouvelles stratégies de surveillance ou l’amélioration des systèmes existants est cruciale pour détecter rapidement ce nouveau clade et empêcher sa propagation.

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Le système de surveillance mis en place à l’hôpital de Singapour joue un rôle clé dans cette découverte. Les patients à haut risque y sont régulièrement testés pour la présence de Candida, et ceux dont les résultats sont positifs sont isolés pour limiter la propagation du pathogène. Ce programme de surveillance active a permis de détecter le nouveau clade grâce à un algorithme d’apprentissage automatique récemment développé.

Cet algorithme a non seulement identifié le nouveau clade à Singapour, mais a également permis de découvrir un autre échantillon appartenant à ce même clade au Bangladesh en analysant des bases de données externes. Le Dr Chayaporn Suphavilai, chercheur principal au GIS d’A*STAR et coauteur de l’étude, souligne que cette approche d’apprentissage automatique pourrait révolutionner la surveillance des pathogènes en détectant plus rapidement les génomes inhabituels.

Les enjeux futurs

Bien que l’ampleur de la menace posée par ce nouveau clade ne soit pas encore entièrement comprise, sa découverte marque un pas important vers une meilleure compréhension de C. auris. Le champignon, qui n’est étudié que depuis quelques années, recèle encore de nombreux mystères. Cependant, son potentiel à résister aux traitements et à provoquer des épidémies dans les hôpitaux justifie une surveillance accrue et des stratégies d’endiguement renforcées.

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L’identification rapide et précise de nouvelles souches de C. auris est essentielle pour limiter l’impact clinique de ces infections. La découverte de ce sixième clade montre que la diversité génétique de ce pathogène est encore mal comprise, ce qui appelle à une vigilance accrue.

Par ailleurs, ce champignon parasite utilise une stratégie effrayante pour prendre possession des coléoptères.