70 000 virus jusqu’alors inconnus trouvés dans l’intestin humain

Des chercheurs ont identifié plusieurs dizaines de milliers de virus auparavant inconnus au sein de l’intestin humain. Infectant les bactéries qui s’y trouvent, leur impact sur notre corps reste pour l’heure un mystère.

Un étude pionnière

Caractérisant l’ensemble des bactéries se trouvant dans notre système digestif, le microbiote intestinal participe activement à la digestion des aliments et la régulation du système immunitaire. Tandis que plusieurs études ont également montré que son déséquilibre pouvait être lié à certaines affections, comme la dépression, ou une croissance plus lente. Toutefois, les connaissances des scientifiques sur cet écosystème restent actuellement limitées. Bien qu’il comprenne un large éventail de micro-organismes (virus et bactéries), les recherches se sont jusqu’à présent principalement concentrées sur ces dernières, car elles se révèlent plus simples à étudier.

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Pour cette nouvelle étude parue dans la revue Cell, un groupe de chercheurs britanniques a utilisé la métagénomique pour identifier les virus. Une approche consistant à analyser l’ensemble du matériel génétique d’une communauté de microbes, puis à cartographier les séquences individuelles trouvées pour des espèces spécifiques. Au total, plus de 28 000 échantillons de microbiotes intestinaux, prélevés dans 28 pays, ont été analysés.

Ce processus a révélé les génomes complets de plus de 140 000 espèces de virus vivant dans l’intestin humain. L’équipe s’est spécifiquement concentrée sur les virus capables d’infecter les bactéries, appelés « bactériophages » ou « phages ».

« Nous avons choisi de nous limiter aux bactériophages, car nous sommes encore loin d’avoir déterminé précisément leur impact sur la santé humaine », a expliqué Luis Camarillo-Guerrero, chercheur au Wellcome Sanger Institute et auteur principal de l’étude. « On peut probablement affirmer sans risque que la grande majorité d’entre eux ne nous sont pas nuisibles et font simplement partie intégrante de notre microbiote. »

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Des bactériophages essentiels au maintien de l’équilibre du microbiote intestinal

D’après l’équipe, les phages jouent un rôle central dans l’équilibre du microbiote intestinal, en fournissant à leurs bactéries hôtes des caractéristiques avantageuses, et en influençant la façon dont celles-ci évoluent. « Comme les communautés bactériennes sont un élément essentiel de notre intestin, il n’est pas difficile d’imaginer que les phages puissent jouer un rôle clé dans le maintien d’un équilibre sain », ont estimé les auteurs de l’étude.

Toutefois, il existe également des cas connus où les phages contribuent à la maladie. Notamment la diphtérie, une infection bactérienne grave, et le botulisme, affection attaquant les nerfs du corps, tous deux causés par des toxines codées par les gènes des phages.

L’équipe a publié les génomes de ces virus envahissant les bactéries dans la « Gut Phage Database », base de données nouvellement créée qui pourrait être utilisée pour orienter de futures études sur ces virus. « Un génome est comme le plan d’un organisme », souligne Camarillo-Guerrero. « La quantité d’informations que nous pouvons extraire en ne connaissant que la séquence d’ADN d’un organisme est phénoménale. »

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