Bien que l’on ignore encore beaucoup de choses à son sujet, les fragments microscopiques et uniques du coronavirus renferment des indices sur sa souche d’origine ou encore son comportement lors de sa mutation. À l’heure actuelle, huit souches différentes de SRAS-CoV-2 circulent à travers le monde.

Le séquençage génomique pour identifier les souches du virus actuellement en circulation

Les scientifiques consacrent aujourd’hui une large part de leurs ressources au séquençage du génome des échantillons de virus prélevés sur des personnes touchées par le Covid-19. Les informations obtenues sont ensuite téléchargées sur le site NextStrain.org, dont la carte interactive permet de connaître les différentes souches du virus en circulation dans le monde, et de suivre en temps réel leur évolution.

Bien que les chercheurs avertissent qu’ils ne voient que la partie émergée de l’iceberg, les minuscules différences entre les souches de virus suggèrent qu’aucune d’entre elles ne se révèle actuellement plus mortelle qu’une autre. Autre bonne nouvelle : il ne semble pas non plus que ces différentes souches deviennent plus dangereuses à mesure qu’elles évoluent.

Le génome du SARS-CoV-2, apparu initialement à Wuhan, est constitué d’environ 30 000 paires de bases, tandis que les humains en possèdent plus de 3 milliards. Jusqu’à présent, même dans les souches les plus divergentes du virus, les scientifiques n’ont identifié que 11 changements de paires de bases. Il est donc facile de repérer de nouvelles lignées. « Les épidémies sont traçables. Nous sommes en mesure de faire du séquençage génomique quasiment en temps réel pour voir quelles souches ou lignées circulent », a estimé Chiu.

« Un petit aperçu de la pandémie »

Ce n’est pas la première fois que des scientifiques se livrent à une analyse génétique d’un virus en pleine épidémie. Ils l’avaient précédemment fait avec Ebola, ou le Zika, mais à l’époque, personne en dehors de la communauté scientifique n’y avait prêté beaucoup d’attention. « C’est la première fois que des arbres phylogénétiques [diagrammes montrant les relations évolutives entre les différentes souches d’un organisme] sont partagés sur Twitter », a déclaré Kristian Andersen, membre du centre de recherche en sciences biomédicales Scripps.

Cartes et graphiques sont disponibles sur NextStrain, ressource en ligne pour les scientifiques utilisant des données provenant de laboratoires universitaires, indépendants et gouvernementaux du monde entier afin de suivre visuellement l’évolution de la génomique du virus SARS-CoV-2.

Bien que ces ressources soient largement consultées, Andersen a rappelé que les arbres montrant l’évolution du virus étaient complexes, et qu’il était difficile, même pour les experts, d’en tirer des conclusions à l’heure actuelle. « N’oublions pas qu’il ne s’agit que d’un petit aperçu de la pandémie. Nous avons actuellement un demi-million de cas décrits, mais peut-être 1 000 génomes séquencés. Il y a donc beaucoup de lignées manquantes », a notamment expliqué la chercheuse.

Carte des principales variantes génétiques connues du virus SRAS-CoV-2 montrant l’évolution des agents pathogènes à l’échelle mondiale. Les séquences génétiques proviennent à l’heure actuelle de 36 pays répartis sur six continents – © Nextstrain

Des symptômes similaires pour les différentes souches

Le Covid-19 n’impacte pas les individus de la même façon, certaines personnes ne présentant aucun symptôme, d’autres restent alitées pendant 2 semaines, tandis qu’environ 15 % des cas nécessitent une hospitalisation. Globalement, on estime qu’environ 1 % des personnes infectées par le virus en meurent, mais le taux varie considérablement d’un pays à l’autre et les experts affirment qu’il est davantage lié aux taux de dépistage qu’à la mortalité réelle.

Il semble peu probable que ces différences concernant les symptômes soient liées au fait que les personnes aient été infectées par différentes souches du virus. Comme l’a estimé Charles Liu : « Les souches actuelles du virus sont fondamentalement très similaires. » De son côté, Kristian Andersen estime que « le virus ne mute pas très rapidement. À titre de comparaison, il le fait huit à dix fois plus lentement que celui de la grippe. » Ce qui rend sa vitesse d’évolution similaire à celle d’autres coronavirus tels que le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS).

« On ne s’attend pas non plus à ce qu’il évolue spontanément vers une forme plus mortelle qu’elle ne l’est déjà pour l’homme. Le SARS-CoV-2 se révèle tellement efficace lorsqu’il s’agit de circuler d’un hôte humain à un autre qu’il n’a aucune raison d’augmenter sa létalité », a conclu le chercheur.

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J’ai pourtant lu qu’il y avait une forme « D » moins virulente qu’une forme « L ». Par « forme », il faut comprendre « une particularité génétique », pas nécessairement morphologique… D’où des gens qui résisteraient plus ou moins bien (selon divers facteurs tels qu’antécédents médicaux et âge…) et d’autres foudroyés sans raison individuelle particulière. Alors,… Lire la suite »