Covid-19 : Des mutations liées au vison découvertes chez l’Homme dans 7 pays différents

Quelques semaines après l’annonce de l’abattage massif des visons d’élevage danois en raison de préoccupations concernant l’efficacité du vaccin contre le Covid-19, une nouvelle analyse révèle que des mutations du SARS-CoV-2 liées à l’animal ont été détectées chez l’Homme dans sept pays.

329 séquences de variantes F identifiées au Danemark

Les possibles implications de la découverte d’une variante de Covid-19 chez l’Homme a conduit le Danemark, plus grand producteur mondial de fourrure de vison, à lancer un abattage national en début de mois. Celui-ci a été ordonné après que des travaux ont montré qu’une variante du virus appelée C5 était plus difficile à neutraliser par les anticorps et constituait une menace potentielle pour l’efficacité du vaccin. Alors qu’aucune présence généralisée n’avait été signalée en dehors du Danemark, ces derniers jours, les Pays-Bas, l’Afrique du Sud, la Suisse, les îles Féroé, la Russie et les États-Unis ont tous signalé des cas de mutations liées au vison.

Celles-ci ont pu être identifiées grâce à Gisaid, base de données mondiale recensant les informations relatives au séquençage des virus et à leurs variantes. Suite à la mise en ligne de 6 000 séquences génomiques supplémentaires, les chercheurs ont obtenu un meilleur aperçu de la situation, avec la mutation (Y453F) découverte à plusieurs reprises chez le vison aux Pays-Bas, ainsi que dans plus de 300 séquences du génome humain du SARS-CoV-2 à travers le monde.

« Un réservoir d’hôtes plus grand signifie plus d’infections chez l’Homme, sachant qu’il y a trois fois plus de visons que d’humains au Danemark », souligne François Balloux, de l’University College de Londres (UCL). « Le pays possède 329 séquences de variantes F, qui correspondent approximativement à autant d’individus, bien qu’il puisse y avoir quelques doublons », souligne de son côté le professeur Seshadri Vasan, de l’université de York.

Pas de menace immédiate pour la santé publique…

Interrogé sur la manière dont la propagation a pu se produire, Vasan a déclaré que, étant donné que certaines des variantes F humaines et de vison provenaient d’échantillons collectés au Danemark en juin, il se pourrait que « les mouvements de personnes, d’animaux ou de marchandises aient pu propager la variante F dans d’autres pays ». Cependant, en raison d’informations limitées concernant les patients et les échantillons, il est actuellement impossible de savoir exactement quand la propagation a eu lieu.

« Les virus sont connus pour muter, mais les variants seuls ne sont pas nécessairement un problème », explique le professeur Joanne Santini, microbiologiste à l’UCL. « Actuellement, nous ne savons pas si cette mutation s’est produite chez le vison ou chez l’homme en premier lieu, mais selon les données dont nous disposons, la protéine de pointe de la variante Y453 est peu susceptible de constituer en soi une nouvelle menace pour la santé publique. »

… mais une multiplication des variantes redoutée

Toutefois, les chercheurs estiment que des mutations constantes pourraient constituer un problème, avec des variantes supplémentaires de la protéine de pointe susceptibles d’affecter le degré d’infectiosité du virus pour les humains et les animaux et l’efficacité des vaccins actuellement en développement.

Bien que le Danemark soit le seul pays à avoir ordonné l’abattage des visons à l’échelle nationale, d’autres, dont les Pays-Bas, l’Espagne et, plus récemment, la Grèce, procèdent à celui des animaux infectés par le virus. En début de semaine dernière, la Pologne a annoncé la mise en place de tests de dépistage obligatoires sur les visons, faisant redouter à l’industrie du pays, qui recense 350 fermes d’élevage et 6 millions d’animaux, un scénario similaire à celui du Danemark.

Par Yann Contegat, le 24 novembre 2020