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Bien que le SARS-CoV-2 soit le dernier agent pathogène à passer des animaux à l’Homme, des centaines de milliers d’autres pourraient suivre une telle trajectoire. Aujourd’hui, un nouvel outil en ligne classe les virus en fonction de leur potentiel pandémique.

« Nous devons non seulement identifier, mais aussi hiérarchiser les menaces virales »

Présenté dans la revue PNAS, l’outil SpillOver fournit essentiellement une « liste de surveillance » des virus animaux récemment découverts qui représentent la plus grande menace pour la santé humaine. Ses créateurs espèrent qu’il sera utilisé par les scientifiques, les gouvernements et les responsables de la santé publique pour classer les virus par ordre de priorité en vue d’une étude plus approfondie, d’une surveillance et d’activités de réduction des risques, telles que la mise au point éventuelle de vaccins ou de traitements avant qu’une maladie ne se propage.

« Le SARS-CoV-2 n’est qu’un exemple parmi les milliers de virus susceptibles de passer de l’animal à l’Homme », a déclaré Zoë Grange, qui a dirigé le développement de SpillOver. « Nous devons non seulement identifier, mais aussi hiérarchiser les menaces virales présentant le plus grand risque de débordement avant qu’une autre pandémie dévastatrice ne se produise. »

Quelque 250 virus sont connus pour être « zoonotiques », c’est-à-dire qu’ils sont déjà passés de l’animal à l’Homme, et on estime que plus de 500 000 virus seraient potentiellement transmissibles. La probabilité d’une telle contamination étant différente pour chaque virus, les chercheurs ont créé un indice permettant d’évaluer et de comparer leurs risques.

En février dernier, une étude avait lié pour la première fois l’émergence du SARS-CoV-2 au changement climatique ― Lee Yiu Tung / Shutterstock.com

Pour l’établir, l’outil prend en compte 32 facteurs de risque associés au virus et à son hôte, tels que le nombre d’espèces animales infectées par le virus et la fréquence des interactions entre l’Homme et les animaux sauvages dans les zones où l’agent pathogène avait été détecté. Au total, 887 virus issus de la faune sauvage (nouvellement découverts et zoonotiques) ont été classés selon leur risque de propagation.

Virus de Lassa, SARS-CoV-2 et Ebola

Les 12 premiers virus de la liste étaient des agents pathogènes zoonotiques connus : le virus de Lassa (ayant pour principal hôte le rat) arrivant en tête, suivi par le SARS-CoV-2 (capable d’infecter les visons et les félins) et le virus Ebola (chauve-souris). Conformes aux prévisions des chercheurs, avec les zoonoses connues se classant en tête, ces résultats ont permis de valider l’outil.

Si le fait que le SARS-CoV-2 arrive seulement en seconde position peut sembler surprenant, les créateurs de SpillOver ont expliqué que l’outil évaluait principalement le potentiel de propagation future, rappelant que certaines informations importantes au sujet du SARS-CoV-2, notamment le nombre d’espèces hôtes qu’il infecte, restaient pour l’heure inconnues, et que son classement pourrait être reconsidéré dans les mois qui viennent.

Parmi les virus non-zoonotiques, le virus le mieux classé était le coronavirus 229E, appartenant à la même famille virale que le SARS-CoV-2 et infectant les chauves-souris en Afrique, suivi du coronavirus PREDICT CoV-35, possédant un profil similaire mais ayant la particularité d’être également présent en Asie du Sud-Est.

— NIAID Rocky Mountain Laboratories / Wikipedia

Permettre un collaboration scientifique mondiale en temps réel

Présenté comme une plateforme ouverte et participative, SpillOver permettra à d’autres chercheurs de fournir des données sur des virus déjà inclus dans la liste ou d’en ajouter de nouveaux, amenant les classements actuels à évoluer.

« Cet outil a pour but de permettre une collaboration scientifique mondiale en temps réel pour identifier rapidement les nouvelles menaces », a estimé Jonna Mazet, co-auteure de l’étude. « SpillOver peut contribuer à faire progresser notre compréhension des menaces sanitaires virales et nous permettre d’agir pour réduire le risque de débordement avant que les pandémies ne prennent trop d’ampleur. »

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