Le microbiote intestinal des chauves-souris et des oiseaux présente d’étonnantes similitudes

Des chercheurs américains ont comparé les microbiotes de 900 espèces de vertébrés et découvert que les chauves-souris possédaient une flore intestinale plus proche de celle des oiseaux que des autres mammifères.

Une étude d’envergure

Chez la plupart des vertébrés, la flore intestinale occupe une place centrale, en combattant notamment les mauvaises bactéries présentes dans le tube digestif et facilitant la digestion. Mais selon cette nouvelle étude, présentée dans la revue mBio, sa fonction se révèle bien différente chez les oiseaux et les chauves-souris. Après avoir comparé les microbiotes de centaines d’espèces de mammifères, d’oiseaux, de reptiles et d’amphibiens, les chercheurs de l’université de Californie ont en effet constaté que les espèces capables de voler avaient tendance à ne pas dépendre des bactéries symbiotiques.

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Pour parvenir à cette conclusion, l’équipe a analysé des échantillons de matières fécales provenant de 900 espèces de vertébrés du monde entier grâce au séquençage génétique. Une fois l’ADN extrait de l’ensemble des échantillons, les chercheurs ont utilisé les gènes individuellement afin de comparer leurs microbiotes, et estimé que celui des oiseaux et des chauves-souris différait des autres vertébrés pour des raisons évolutives : c’est leur mode de vie commun (leur capacité à voler) qui aurait façonné leur flore intestinale, plutôt que leur ascendance.

« Transporter beaucoup de bactéries dans votre intestin peut se révéler assez lourd et vous priver de ressources », précise Holly Lutz, co-auteure de l’étude. « Ce qui se révélerait particulièrement handicapant chez les animaux ayant des besoins énergétiques très élevés, comme les espèces volantes. »

Mieux comprendre les relations hôte-microbe

Oiseaux et chauves-souris possèdent un appareil digestif beaucoup plus court que les mammifères terrestres similaires, et sont tous deux porteurs d’un nombre plus restreint de bactéries, ce qui contribue probablement à réduire leur poids. Il est également possible que l’alimentation ait une incidence dans ce cas : en raison du caractère énergivore du vol actif, il est possible que la nourriture à disposition soit insuffisante pour maintenir une relation symbiotique avec des bactéries.

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Dans le cadre de leurs travaux, les chercheurs ont également découvert que les quelques bactéries se trouvant dans le tube digestif des oiseaux et des chauves-souris avaient tendance à être plus variées que chez la plupart des autres groupes d’amphibiens, de reptiles et de mammifères (hors chauves-souris), qui suivent des schémas spécifiques en la matière. D’après les scientifiques, s’appuyer sur l’ensemble de données récoltées à l’avenir permettra de mieux comprendre l’évolution des microbiomes et leur importance pour les différentes espèces.

« En tant qu’humains, nous avons toujours pensé que nous étions très spéciaux. Et nous le sommes peut-être, mais nous vivons dans un monde beaucoup plus ancien que nous. Ces analyses nous aident à mieux comprendre l’évolution et l’écologie des relations hôte-microbe, et je pense qu’elles nous aideront également à mieux nous comprendre nous-mêmes », avance Se Jin Song, ayant participé aux recherches. « Cette étude nous en dit beaucoup sur les modèles d’évolution à grande échelle dans l’intestin des vertébrés, mais il y a encore beaucoup à faire. »