Considéré comme la machine la plus rapide au monde, le supercalculateur Summit d’IBM a effectué des milliers de simulations pour analyser quels composés médicamenteux pourraient efficacement empêcher le virus d’infecter les cellules hôtes.

Summit identifie des dizaines de composés potentiellement efficaces pour traiter le coronavirus

Se propageant à une vitesse record, le nouveau coronavirus représente un défi sans précédent pour les scientifiques, qui redoublent actuellement d’efforts afin d’identifier un traitement efficace. Dans cette véritable course contre la montre, ceux-ci s’appuient notamment sur les supercalculateurs, ces machines capables d’effectuer un nombre phénoménal d’opérations à la seconde. Dans le cadre de leurs travaux, publiés dans la revue ChemRxiv, les chercheurs de l’Oak Ridge National Laboratory se sont appuyés sur Summit, un superordinateur créé par IBM, qui leur a permis d’identifier 77 composés potentiellement efficaces pour traiter le Covid-19.

Avec une puissance de 200 pétaflops, lui permettant de réaliser 200 quadrillions de calculs à la seconde, celui-ci avait précédemment permis d’identifier les modèles des systèmes cellulaires précédant la maladie d’Alzheimer, ainsi que les gènes impliqués dans la dépendance aux opioïdes. Cette fois-ci, l’appareil s’est vu confier la lourde tâche de trouver des composés pouvant se lier à la protéine S, utilisée par le coronavirus pour infecter les cellules hôtes, et la neutraliser, empêchant ainsi le virus de se développer.

© Carlos Jones / ORNL / Wikimedia Commons

Une étape cruciale

Dans cette optique, Nicholas Smith, auteur principal de l’étude, a créé un modèle de la protéine en question, et a ensuite simulé à l’aide de Summit la façon dont les atomes et les particules de la protéine virale réagiraient à différents composés. Le supercalculateur a effectué des simulations pour plus de 8 000 composés susceptibles de se lier à la protéine du virus, et en a identifié 77 qu’il a ensuite classés en fonction de leur efficacité probable. Bien que cette étape s’avère cruciale pour le développement d’un traitement, des études expérimentales seront nécessaires afin de déterminer quels composés chimiques fonctionnent le mieux.

« Les résultats que nous avons obtenus ne signifient pas que nous avons trouvé un remède ou un traitement contre le coronavirus », ont expliqué les chercheurs dans un communiqué. « Mais ils pourront servir de base à de futures études expérimentales. Ce n’est qu’alors que nous saurons si l’un de ces composés dispose des caractéristiques nécessaires. »

L’équipe entend mettre de nouveau Summit à contribution dans les jours à venir, en utilisant cette fois un modèle plus récent et plus précis de la protéine du virus.

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