Covid-19 : l’émergence des nouveaux variants possiblement liée aux patients immunodéprimés

Possédant un système immunitaire affaibli les rendant plus vulnérables face aux infections, les patients immunodéprimés pourraient expliquer en partie l’émergence de nouvelles souches du SARS-CoV-2 dans le monde entier.

Des périodes d’infection plus longues favorisant les mutations du virus

Le variant britannique, appelée B.1.1.7, s’est avéré jusqu’à 70 % plus transmissible que le coronavirus originel, tandis que des craintes ont également été soulevées concernant son pendant sud-africain, qui serait capable d’échapper à certaines parties de la réponse immunitaire produite par l’organisme. D’autres lignées ont été récemment détectées au Brésil et au Japon, et les analyses se poursuivent pour déterminer leur virulence et leur infectiosité.

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Éminente scientifique britannique, Sharon Peacock est la directrice exécutive du consortium Covid-19 Genomics UK, l’un des plus grands projets de séquençage de coronavirus au monde ayant suivi l’évolution de l’agent pathogène depuis le début de la crise, et à l’origine de la détection de la nouvelle variante britannique en septembre dernier. Selon elle, les patients possédant un système immunitaire affaibli hébergeraient le SARS-CoV-2 pendant de longues périodes, ce qui lui permettrait d’acquérir de multiples mutations profitables avant d’être transmis sous sa nouvelle forme.

« Actuellement, l’une des principales hypothèses est que certaines personnes possédant un système immunitaire affaibli peuvent en fait souffrir d’une infection chronique par le Covid-19 et avoir le virus dans leur organisme pendant une certaine période de temps », a expliqué Peacock à l’occasion d’une conférence organisée par la Royal Society of Medicine. « Des recherches supplémentaires seront nécessaires avant de tirer des conclusions définitives, mais les études de cas actuelles montrent que ce type de patients peuvent héberger des virus ayant beaucoup changé au cours de leur maladie clinique. »

23 modifications génétiques inattendues détectées dans le variant britannique

Les personnes atteintes d’une infection chronique sont différentes des personnes souffrant de Covid longue durée, dont l’organisme a éliminé le virus mais qui continuent à présenter des symptômes et des séquelles de la maladie. Généralement, le SARS-CoV-2 acquiert une à deux mutations par mois, ce qui étend encore les différentes lignées et branches du virus. Pourtant, les scientifiques ont identifié 23 modifications génétiques inattendues dans le codage de B.1.1.7, ce qui suggère qu’il pourrait avoir subi une longue évolution chez un patient chroniquement infecté.

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« Nous savons que c’est rare, mais cela peut arriver », avait estimé Maria Van Kerkhove, épidémiologiste à l’Organisation mondiale de la santé, en décembre, tandis que Stephen Holdstein, virologue à l’université de l’Utah, a déclaré que le variant britannique présentait « trop de mutations pour que celles-ci se soient accumulées dans des circonstances évolutives normales ».

Des souches possiblement importées

Alors que les autorités de santé publique de plusieurs pays examinent actuellement le possible rôle des patients immunodéprimés dans l’émergence des nouveaux variants, l’éventualité que la souche britannique ait été introduite dans le sud-est de l’Angleterre en septembre dernier est également envisagée.

« Le Royaume-Uni fait beaucoup de séquençage par rapport à d’autres pays », a estimé Peacock. « Nous sommes à l’origine de la moitié des génomes présents dans la base de données mondiale en accès libre, et il est probable que de nombreux pays n’aient pas eu connaissance de la circulation de cette variante particulière sur leur territoire, qui aurait pu être importée puis diffusée à partir de là [Dans le Kent]. »

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Selon la chercheuse, l’analyse des eaux usées pourrait également fournir aux autorités un autre outil pour établir l’origine de nouvelles variantes, via le séquençage des fragments de l’ARN du virus.