Les génomes des variants britannique et californien du SARS-CoV-2 semblent s’être combinés pour former un virus hybride fortement muté. Une situation faisant craindre aux scientifiques l’entrée dans une nouvelle phase de la pandémie de Covid-19.
Un premier cas de recombinaison qui inquiète
Résultant de la recombinaison du variant britannique B.1.1.7, hautement transmissible, et du variant B.1.429, originaire de Californie et vraisemblablement à l’origine d’une récente vague de cas à Los Angeles en raison d’une mutation le rendant résistant à certains anticorps, le virus hybride a été identifié par des chercheurs du Laboratoire national de Los Alamos, au Nouveau-Mexique. Sa découverte a été annoncée à l’occasion d’une conférence de l’Académie des sciences de New York. Il s’agirait du premier recombinant à être détecté depuis le début de la pandémie.
Si deux groupes de recherche avaient rapporté en décembre et janvier dernier n’avoir détecté aucune trace de recombinaison, ce phénomène s’avère courant pour les coronavirus, et les experts s’attendaient à ce qu’il survienne à un moment donné. Contrairement à une mutation régulière, où les changements s’accumulent un par un, comme c’est le cas pour le variant britannique B.1.1.7, la recombinaison peut rassembler simultanément plusieurs mutations. Si celles-ci ne confèrent aucun avantage au virus la plupart du temps, il arrive qu’elles le fassent.
« La recombinaison peut se révéler d’une importance majeure pour l’évolution d’un virus et beaucoup considèrent que c’est ainsi que le SARS-CoV-2 a vu le jour », souligne François Balloux de l’University College de Londres.
Bien que le niveau de menace représenté par l’évènement de recombinaison récemment identifié soit encore flou (un seul génome recombiné a pour l’heure été identifié parmi des milliers de séquences et les chercheurs ignorent si le virus hybride circule déjà ou s’il s’agit d’un cas isolé), les experts redoutent que ce type de phénomène ne conduise à l’émergence de nouveaux variants encore plus dangereux.
« Nous en arrivons peut-être au point où cela se produit à un rythme quantifiable »
La recombinaison se révèle courante pour les coronavirus, car l’enzyme qui réplique leur génome a tendance à se détacher du brin d’ARN qu’elle copie avant de le réintégrer. Par conséquent, lorsqu’une cellule hôte contient deux génomes de coronavirus différents, l’enzyme peut passer de façon répétée de l’un à l’autre, en combinant différents éléments de chaque génome pour créer un virus hybride. L’émergence récente de multiples variants du SARS-CoV-2 pourrait avoir fourni les conditions nécessaires à la recombinaison, étant donné qu’il est possible d’être infecté simultanément par deux souches différentes.
« Nous en arrivons peut-être au point où cela se produit à un rythme quantifiable », déclare Sergei Pond, de l’université Temple en Pennsylvanie, qui surveille les recombinants en comparant des milliers de séquences de génomes téléchargées dans les bases de données. « Il n’existe pas de preuve d’une recombinaison généralisée, mais étant donné que l’ensemble des coronavirus se recombinent, la question est de savoir quand, et non pas si. »
Un virus hybride possiblement plus infectieux et résistant
Les implications de la récente découverte ne sont pas encore claires, en raison d’un certain manque de connaissances concernant la biologie du recombinant. Cependant, celui-ci est porteur de la mutation Δ69/70 de B.1.1.7, rendant le variant britannique plus transmissible, et de la mutation L452R de B.1.429, pouvant conférer une résistance aux anticorps.
« Ce genre d’événement pourrait avoir donné naissance à un virus à la fois plus infectieux et plus résistant », a déclaré la chercheuse Bette Korber, responsable de la découverte du variant hybride, lors de la conférence de New York. Tandis que Lucy van Dorps, de l’University College de Londres, a estimé que la « détection d’autres cas n’aurait rien de surprenant ».
