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Des chercheurs ont découvert un nouveau « supergroupe » d’organismes vivants, composé d’un vaste éventail de microbes prédateurs se révélant génétiquement extrêmement différents de toute autre forme de vie sur Terre.
Le supergroupe des Provora
L’arbre phylogénétique est une représentation schématique illustrant les relations entre les différentes formes de vie, actuelles comme éteintes. On retrouve à sa base trois grands groupes connus sous le nom de « domaines » (bactéries, archées et eucaryotes) se ramifiant ensuite en royaumes tels que les animaux et les champignons. À partir de là, les branches deviennent de plus en plus spécifiques jusqu’à représenter des espèces individuelles.
Publiés dans la revue Nature, ces nouveaux travaux ajoutent une nouvelle branche importante : les Provora. Ces formes de vie constituent une catégorie appelée officieusement « supergroupe », se situant en dessous des domaines et pouvant contenir plusieurs royaumes. «
Il s’agit d’une branche ancienne de l’arbre de la vie à peu près aussi diversifiée que les règnes animal et fongique réunis, et personne ne savait qu’elle existait », précise Patrick Keeling, auteur principal de l’étude.
Ces minuscules organismes sont décrits par l’équipe comme les « lions du monde microbien », en raison de leur tendance à s’attaquer à d’autres microbes (voir vidéo ci-dessous) et de leur relative rareté au sein de leur écosystème. Le supergroupe se divise en deux clades : les « nibbleridés », qui utilisent des structures ressemblant à des dents pour grignoter des morceaux de leur proie, et les « nébulidés », qui l’engloutissent entièrement.
Scientists just discovered a whole new branch of the tree of life, with DNA unlike any other species we know of! They’re tiny microorganisms in the supergroup « Provora » and some of them like to « nibble » their prey to death.
— kevin jiang (@crudelykevin) December 10, 2022
Here’s a video of one doing just that: pic.twitter.com/zYyZcQ2FCN
Ces nouvelles formes de vie ont été découvertes dans des échantillons provenant des quatre coins du monde (récifs coralliens de Curaçao, sédiments de la mer Noire et de la mer Rouge, eau des océans Pacifique et Arctique).
Des différences génétiques significatives
Dotés de deux flagelles, leur permettant de nager et de changer de direction très rapidement, ces minuscules organismes engloutissaient rapidement tous les autres microbes piégés dans les mêmes échantillons d’eau, ce qui n’avait pas manqué d’attirer l’attention des chercheurs. L’examen de leur ADN a permis de mettre en évidence leur nature singulière.
« Dans la taxonomie des organismes vivants, nous utilisons souvent le gène ARNr 18S pour décrire la différence génétique », explique Denis Tikhonenkov, premier auteur de l’étude. « Alors que ces gènes ne différent que des six nucléotides chez les humains et les cobayes, nous avons été surpris de constater que cet écart était de 170 à 180 nucléotides chez ces organismes microbiens par rapport aux autres formes de vie terrestres connues. »
L’équipe prévoit prochainement de séquencer l’ensemble des génomes de ces nouveaux organismes et de créer des modèles 3D de leurs cellules, afin d’en apprendre davantage sur eux.