Découverte d’un mystérieux virus au Brésil dont 90 % des gènes sont totalement inconnus

Les scientifiques ont récemment identifié un virus mystérieux, dont le génome semble être presque entièrement nouveau pour la science. Il est composé de nombreux gènes inconnus et qui n’ont jamais été documentés auparavant dans la recherche virale. Ayant trouvé ce virus dans le lac artificiel de Pampulha, que l’on trouve dans la ville de Belo Horizonte, il l’ont appelé Yara, en référence à une divinité de l’eau dans la mythologie brésilienne. En se mettant à la recherche de nouveaux virus au sein de ce lac artificiel, les chercheurs ne s’attendaient pas à découvrir un virus au génome si unique.

À LA RECHERCHE DE NOUVELLES FORMES VIRALES

Bien que ce virus ne soit pas une entité surnaturelle, il n’en est pas moins mystérieux que la jeune femme de qui il tire son nom. En effet, ce virus représente « une nouvelle lignée de virus amibiens avec une origine et une phylogénie déroutantes » affirment les chercheurs dans un article qu’ils ont publié. Les deux chercheurs à la tête de cette équipe sont les virologues reconnus Bernard La Scola de l’université Aix-Marseille en France et Jônatas S. Abrahão de l’université fédérale du Brésil Minas Gerais. Il y a deux ans, ils avaient déjà découvert un autre virus : le Tupanvirus, un virus géant trouvé dans les habitats aquatiques extrêmes. En effet, leur recherche au sein du lac artificiel de Pampulha visait à l’origine la découverte de nouvelles formes virales.

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Pendant longtemps, les chercheurs n’avaient pas saisi la puissance que pouvaient avoir les virus. Ils étaient essentiellement considérés comme des éléments inertes et non vivants, dont la seule capacité était d’infecter leurs hôtes. Mais ils ont maintenant compris qu’un virus était beaucoup plus complexe que cela, ce qui semble être prouvé par leurs découvertes des dernières années sur des nouvelles formes virales, et qui les incitent à repenser leur réflexion sur la façon dont les virus peuvent se propager et fonctionner.

LE GÉNOME DU YARAVIRUS EST UNIQUE

Le Yaravirus ne semble pas être un virus géant, mais il n’en est pas moins fascinant : en effet, son génome est véritablement unique. « La plupart des virus des amibes ayant été découverts ont prouvé qu’ils partageaient de nombreuses fonctionnalités, qui ont finalement incité les auteurs à les classer en groupes évolutifs communs« , expliquent les auteurs. « Contrairement à ce qui est observé dans d’autres virus isolés de l’amibe, le Yaravirus n’est pas représenté par une particule grande/géante ni un génome complexe, mais il porte en même temps un nombre important de gènes non décrits auparavant.« 

Au cours de leurs recherches, les scientifiques ont trouvé que plus de 90 % des gènes du Yaravirus n’avaient jamais été documentés auparavant ; ils constituent de fait ce que l’on appelle des gènes orphelins (ou ORFans). Seulement six gènes qu’ils ont découverts ressembleraient de loin à des gènes viraux connus et documentés dans des bases de données scientifiques publiques. Une recherche effectuée parmi plus de 8 500 métagénomes accessibles au public ne donnait cependant aucun indice sur ce à quoi le Yaravirus pourrait être lié. « En utilisant des protocoles standard, notre toute première analyse génétique n’a pu trouver aucune séquence reconnaissable de capside ou d’autres gènes viraux classiques dans le Yaravirus », écrivent les chercheurs. La première analyse n’ayant rien trouvé, on pourrait penser que « suivant les protocoles métagénomiques actuels pour la détection virale, le Yaravirus ne serait même pas reconnu comme un agent viral« .

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DE NOMBREUSES INCERTITUDES AUTOUR DU YARAVIRUS

Les chercheurs ne connaissent qu’environ 1 000 virus différents qui infectent les personnes. Cela étant dit, le Yaravirus n’en fait pas partie, puisqu’il infecte les amibes. Toutefois, s’il pouvait infecter les humains, cela ne ferait pas nécessairement de lui une menace pour notre espèce, car certains virus ne font que nous garder en bonne santé. L’importance de la découverte du Yaravirus réside essentiellement dans le fait qu’elle étend la richesse des connaissances humaines aux minuscules agents infectieux qui jouent un rôle majeur dans la santé de l’écosystème entier de la Terre.

De grandes incertitudes demeurent cependant concernant la nature du Yaravirus. Les scientifiques sont à l’heure actuelle seulement aptes à formuler des hypothèses, et spéculent qu’il pourrait s’agir du premier cas isolé d’un groupe inconnu de virus amibiens, ou potentiellement d’un type éloigné de virus géant qui aurait pu évoluer en une forme réduite. « La quantité de protéines inconnues composant les particules de Yaravirus reflète la variabilité existant dans le monde viral et le potentiel de nouveaux génomes viraux à découvrir« , concluent les auteurs.

Les scientifiques découvrent régulièrement de nouveaux virus. De fait, entre 2016 et 2019, le nombre de types de virus différents découverts par des scientifiques dans les océans du monde est passé de près de 15 000 à 200 000.

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