D’intrigantes entités semblables à des virus découvertes dans le microbiote humain

Alors qu’elle étudiait des microbiotes intestinaux et buccaux humains, une équipe de chercheurs a découvert une toute nouvelle classe d’entités semblables à des virus, baptisées « obélisques ».

Des « obélisques »

Pré-publiés sur le serveur bioRxiv, ces nouveaux travaux ont impliqué l’analyse de millions de séquences génétiques provenant du monde entier. Au total, Mark Peifer, de l’université de Caroline du Nord, et ses collègues ont noté la présence des fameuses « obélisques » dans 7 % des échantillons de selles et 50 % des échantillons buccaux humains analysés.

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Ces quelque 30 000 nouvelles entités doivent leur nom aux structures en forme de tige englobant l’ensemble de leurs génomes. Constitués de 1 000 bases seulement, ceux-ci les distinguent des virus à ARN, dont les séquences se révèlent beaucoup plus longues.

La découverte de gènes codant pour une nouvelle famille de protéines, potentiellement impliquée dans la réplication de l’ARN, indique également qu’il ne s’agit pas de particules virales simples, appelées viroïdes.

« En termes de séquence ou de structure, elles ne présentent aucune similitude avec des agents biologiques connus », souligne l’équipe. « Il s’agit donc d’une classe d’ARN divers, découverte longtemps après qu’elle ait colonisé le microbiote humain. »

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Plusieurs inconnues

Rien ne permet actuellement d’affirmer que les obélisques se comportent comme des virus. « Leur mode de transmission ou de réplication ou leur éventuel impact sur l’hôte n’ont pas encore pu être établis », souligne Peifer, qui estime qu’elles pourraient davantage ressembler à des « plasmides » à ARN.

Selon l’équipe, de telles découvertes contribueront à éclairer l’évolution des agents infectieux.